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男性因子が不妊の原因ではないカップルに対して顕微授精を行った場合、精子ＤＮＡフラグメンテーションの値が高いと胚の発育は不良となり、着床率の低下や流産率が上昇するという報告がある。したがって、原因不明不妊の既往歴のある男性パートナーの精子の質の評価として精子ＤＮＡフラグメンテーションテストが有用である可能性がある。